Lúcio Flávio dos Santos naceu dia 3 de fevereiro de 1979, na cidade de Curitiba (PR). Foi revelado pelo Paraná Clube na segunda metade da década de 1990. Chegou a ter uma rápida passagem pelo Internacional, mas retornou ao Tricolor em seguida. Atuando ao lado de jogadores como Vital, Ageu, Márcio e Maurílio, era o principal jogador do time e muito querido pelo torcedores paranistas. Chegou a ter passagem pela Seleção Brasileira Sub-20, onde jogou, entre outros jogadores, com Ronaldinho Gaúcho.
Ao deixar o Paraná, transferiu-se para o São Paulo, com a esperança de ser uma jovem promessa a despertar para o futebol nacional definitivamente. No entanto, o meia nunca se firmou no time paulista. Logo, começou sua peregrinação por vários clubes. Retornou ao estado do Paraná para defender o Coritiba, onde teve uma boa passagem. Jogou também no Atlético Mineiro, em 2003.
Em 2004, foi para a equipe do São Caetano, que então disputava a Série A, e foi campeão paulista, feito inédito na história do clube. Chegou a ser titular do time no início de sua passagem pelo Azulão. No entanto, amargou o banco de reservas por um tempo. Assim, foi levado ao Oriente Médio, onde foi atleta do Al-Ahli.
Em 2006, o Botafogo o contratou para ser o “cérebro” do time, por empréstimo junto ao São Caetano, que ainda detinha seus direitos federativos. Ajudou o clube a vencer a Taça Guanabara mas, na final do Campeonato Carioca daquele ano, sofreu uma lesão no joelho que o deixou fora dos gramados por exatos sete meses.
Mesmo sem condições de jogo, recebeu o carinho da torcida, que via o time ser campeão após 8 anos, e da diretoria, que fez questão de renovar seu contrato. O jogador retornou ao time no dia 2 de novembro de 2006, na partida contra o Internacional, válida pelo Campeonato Brasileiro. Seu primeiro gol após a lesão foi contra o Goiás, de falta, no Maracanã, em partida que terminou empatada por 2 a 2.
A partir de 2007, passou a ser peça fundamental do time, contando com a confiança do presidente botafoguense, Bebeto de Freitas. Formou nesse ano, ao lado de Zé Roberto, Dodô, Jorge Henrique, Túlio, Juninho, entre outros, o time que ficou conhecido como Carrossel Alvinegro, montado por Cuca, que chegou a diversas decisões, embora tenha vencido apenas a Taça Rio daquele ano.
Em 2008, o meia passou a ser o capitão do Botafogo e passou a liderar o time do botafogo. No dia 23 de março deste ano, completou 100 jogos pelo clube, em vitória por 7 a 0 pela Taça Rio – que viria a conquistar – contra o Macaé, marcando um gol.
Lúcio Flávio foi eleito o craque do campeonato carioca de futebol de 2008. No dia 9 de outubro do mesmo ano, chegou ao gol de número 50 com a camisa alvinegra, marcando um golaço de cobertura, de fora da área, em jogo válido pelo Campeonato Brasileiro, contra o Vitória.
Após passagem curta e frustrada pelo Santos, não tendo apresentado o mesmo futebol que o fez ser contratado, no dia 27 de maio de 2009 acertou sua volta ao Botafogo. No ano seguinte, conquistou pela segunda vez o Campeonato Carioca pelo clube.
Em 2011, foi contratado pelo time mexicano Atlas, que o apresentou com muitas expectativas. Porém, mais uma vez não se adaptou e logo foi colocado na lista de transferíveis. Assim, em julho do mesmo ano, acertou sua contratação pelo Vitória para a disputa da Série B. Em junho do ano seguinte, após vários meses no banco de reservas e com atuações que não agradaram a torcida do rubro-negro baiano, teve seu contrato rescindido.
No dia seguinte a rescisão com o Vitória, Lúcio Flávio acertou seu retorno ao time onde foi revelado, o Paraná Clube. Durante sua segunda passagem é tido como ponto de referência e liderança no clube, sendo capitão e camisa 10.
No dia 11 de março de 2015, contra o Foz do Iguaçu pelo Campeonato Paranaense, Lúcio Flávio completou a marca de 300 partidas oficias pelo Paraná, sendo o quarto jogador com mais jogos pelo clube na história. Em maio, o meia anunciou que não renovaria o contrato com o Paraná por conta da oferta da diretoria, o que incluiria uma redução salarial, sendo um dos fatores para que o camisa 10 não renovasse, além de seguidos meses de salários atrasados desde sua volta em 2012.
Em 16 de junho de 2015, Lúcio Flávio acertou com o Coritiba para a disputa do Campeonato Brasileiro. Ao final da temporada, a diretoria do Coxa optou por não renovar seu contrato que iria até o fim do ano.
Em janeiro de 2016 foi anunciado como reforço do ABC para a temporada de 2016 para a disputa do Campeonato Potiguar, Copa do Nordeste, Copa do Brasil e da Série C. Após cinco meses sem marcar, Lúcio Flávio encerrou esse jejum marcando dois gols na goleada por 4 a 0 diante o River-PI em partida válida pela Série C. Esses que foram seus primeiros gols com a camisa do Mais Querido.
Anunciou sua aposentadoria no dia 26 de janeiro de 2018, em uma entrevista ao canal do Esporte Interativo no YouTube.
TREINADOR
Lúcio Flávio iniciou a carreira de treinador no Paraná Clube, que o revelou, onde, em 2018, assumiu o cargo de auxiliar técnico. No ano de 2020 juntou-se ao Botafogo, também com auxiliar técnico, suprindo as saídas de Paulo Autuori e Renê Weber.
Em 2022, após a saída de Enderson Moreira, comandou interinamente o Botafogo no Campeonato Carioca.
Com a chegada de Luís Castro, foi remanejado para o comando do chamado “Botafogo B”, composto, em sua maioria, por atletas Sub-23, para a disputa do Campeonato Brasileiro de Aspirantes.
Com a saída de Castro, voltou à comissão técnica principal, tendo participado da transição, atuando como auxiliar do interino Cláudio Caçapa, até a chegada de Bruno Lage ao comando da equipe.
Com a demissão de Lage, Lúcio Flávio assumiu, interinamente, a equipe principal até o final do Campeonato Brasileiro, tendo o ex-zagueiro Joel Carli como seu auxiliar.
Em 14 de novembro de 2023, o Botafogo anunciou a sua demissão. Após a saída de Bruno Lage, Lúcio Flávio comandou a equipe em sete jogos, sendo duas vitórias, um empate e quatro derrotas, perdendo a liderança do Campeonato Brasileiro após 31 rodadas.
TÍTULOS
Paraná
Campeonato Paranaense: 1997
Campeonato Brasileiro – Módulo Amarelo: 2000
São Paulo
Supercampeonato Paulista: 2002
São Caetano
Campeonato Paulista: 2004
Botafogo
Campeonato Carioca: 2006 e 2010
Taça Guanabara: 2006 e 2010
Taça Rio: 2007, 2008 e 2010
Copa Peregrino: 2008
ABC
Copa RN: 2016